Локација Војног архива се често мењала због недостатка смештајног простора, увек уз образложење да је то привремено решење. Расположиви подаци говоре да је архивска грађа пре Другог светског рата била смештена у згради Правног факултета. После Другог светског рата, по повратку из Беча, грађа је прво смештена у исту зграду, а потом је у септембру 1946. године пренета у Топчидер, у једну неусловну зграду. Руинирана зграда није пружала ни минималне услове заштите, те је уништен известан број вредних докумената. У току 1946. године војна архива се још три пута селила на поједине локације у Београду. У току 1947. године Војноисторијски институт се преселио у зграду предратне Интендантске академије на Карабурми, а крајем исте године сва архивска грађа пребачена је из складишта у Топчидеру у просторије које су биле погодније за смештај архивске грађе. У то време Архив Војноисторијског института располагао је с неколико вагона несређене архивске грађе.
У пролеће 1999. године агресија НАТО на Савезну Републику Југославију није мимоишла ни Војни архив. Тада је НАТО авијација погодила просторије Војног архива у згради Министарства одбране - депое за архивску грађу, читаоницу, лабораторију за микрофилмовање архивске грађе и лабораторију за хемијско одржавање докумената. Архивска грађа је изузетним напорима колектива премештена и заштићена. Од последица ваздушног удара уништена је готово сва техника за микрофилмовање и лабораторија за конзервацију архивске грађе.
Средином 2001. године Војни архив је преселио архивску грађу са више неусловних локација у Београду у зграду Војне гимназије и зграду Савезног министарства за одбрану. Тиме су створени услови да архив отвори своје фондове архивске грађе за научне раднике из земље и света и друге кориснике.
Септембра 2006. године Војни архив је пресељен у касарну Жарково у неадекватан простор, зграду која не задовољава прописане стандарде за безбедан смештај архивске грађе.