У току Другог светског рата у Југославији 1941-1945. године носиоци антиокупаторске борбе на југословенском ратишту (ЦК КПЈ и ГШ НОПОЈ) су схватили историјски значај докумената насталих у вртлогу ратних дејстава за проучавање НОБ-е, па су правовремено упозоравали штабове партизанских одреда, бригада, дивизија и корпуса и руководства комунистичких партијских организација на важност прикупљања и чувања докумената, како сопствених, тако и оних које би пронашли или запленили од непријатеља. У том смислу, Врховни штаб НОПОЈ наредио је штабовима партизанских бригада и одреда да му стално достављају по један примерак својих листова, брошура, пропагандних летака, културно-просветног и другог материјала, као и остале документе и фотографије наших и непријатељских јединица. Поред тога, захтевано је да се шаљу описи појединих важнијих акција и борбених дејстава, да пишу о истакнутим јединицама и борцима, о личностима, као и о злочинима које су починили окупатори и њихови сарадници. Захваљујући овом наређену сачуван је велики број докумената како наших, тако и непријатељских.
Фондови архивске грађе Народноослободилачке војске и ЈА су, од свих фондова архивске грађе Војног архива, најкомплетнији и најбогатији. У њима се налази архивска грађа партизанских одреда и других јединица НОВ и ПОЈ и ЈА која је у целости тематски и хронолошки сређена, регистрована и картотечки (информативно) обрађена, изузимајући архивску грађу јединица с територије Словеније, која се налази у Љубљани, и знатно мањи број докумената који се налазе по завичајним музејима и појединим музејима револуције. У току сређивања архивске грађе прикупљено је још око 15.000 докумената заосталих по јединицама и откупљено седам личних дневника учеснука НОР-а. Укупно, фондови архиве НОВ и ПОЈ и ЈА броје неколико стотина хиљада оригиналних докумената и 3.200 разних брошура, џепних новина и слично.
Ради попуњавања празнина у архивској грађи НОВЈ, извршено је снимање докумената који, по пореклу, припадају архивским фондовима НОР-а а налазе се у другим архивским и научним установама или музејима. Осим тога, ради расветљавања појединих догађаја из НОР-а, прикупљене су бројне изјаве и сећања команданата јединица НОВ и ПОЈ.
По структури архивске грађе НОВ и ПОЈ груписана је на фондове:
- Врховни штаб,
- Главни штабови,
- Оперативне зоне,
- Корпуси,
- Армије,
- Дивизије,
- Партизански одреди,
- Ваздухопловство,
- База Бари,
- Југословенска мисија у Каиру,
- Позадински органи и установе и
- Фонд ратне штампе.
Овај фонд садржи 1978 кутија архивистички обрађене архивске грађе.
У Војном архиву чува се богата архивска грађа непријатељских и квислиншких јединица у Другом светском рату. Прикупљање грађе вршено је паралелно са прикупљањем грађе из јединица НОВ и ПОЈ. У току сређивања и регистровања докумената архивске грађе њихов број се стално повећавао. Данас фондови оригиналне архивске грађе окупаторских и квислиншких јединица из Другог светског рата садрже преко шест стотина хиљада докумената који су груписани у бројне фондове, и то: немачке, италијанске, мађарске и бугарске окупационе јединице и усташко-домобранске јединице. Структура и називи ових фондова архивске грађе дефинисани су по творцу и тематици, а у оквиру тога поштован је принцип хронологије.
Поред наведених фондова архивске грађе, у Војном архиву налази се архивска грађа Југословенске војске у отаџбини, Недићева архива и архивска грађа емигрантске владе у Лондону.